Külön szabályok érvényesek a tengeren, a kereskedelmi és hadihajók által használt zászlókra, lobogókra. A hadihajók akkor húzzák fel a lobogót, ha már nem látszik a szárazföldről, és ha nincs másik hajó a közelben. Ilyenkor csak az árbocszalag lenghet az árboc csúcsán.

A kereskedelmi hajók nem viselhetnek árbocszalagot.  Háború idején azonban a zászlónak mindig láthatónak kell lennie, hogy mutassa a hajó nemzetiségét. Amikor a hajó le van horgonyozva, egy kis zászló, az un. orr lobogó, leng a hajó orrán lévő kis zászlórúdon. A tengeren a zászló leeresztése a megadást jelenti, a hajók a zászló döntésével tisztelegnek egymásnak. A kereskedelmi hajókon annak az országnak a lobogója leng, ahol a hajót lajstromozták, de emellett a hajózási társaság zászlója is lenghet. Udvariasságból felvonják annak az országnak a lobogóját is, amelynek vizein hajóznak. Néhány ország a nemzeti zászlótól eltérő lobogót használ a kereskedelmi és a hadihajók árbocán. Például az amerikai és kanadai hajók a nemzeti zászlót használják, de a brit, ausztrál és Új-zélandi hajók egy speciálisan erre a célra készített lobogót vonnak fel.

A zászlók használati szabályainak pontos betartásával érhetjük el, hogy nemzeti zászlónkat megbecsüléssel és tisztelettel kezeljük. Ha nem tartjuk tiszteletben a nemzeti zászlónkat, más országok állampolgáraitól sem várhatjuk el a zászlónk helyes alkalmazását és tiszteletét.